崇祯十七年，农民起义军李自成攻破北京城，崇祯皇帝自缢，标志着明朝灭亡，除了战争本身外，明朝末年大规模的鼠疫，也是推动明朝灭亡的重要原因之一。

据估计，明代万历和崇祯两次鼠疫大流行中，华北三省人口死亡总数至少达到1000万人以上。有一个统计数字，这场大疫夺走了20万北京人的性命，而北京城当时的人口在80万到100万，堪称是一场“超级大瘟疫”。

有学者认为，这个时候驻守在北京的明朝军队，也难以逃脱这场大疫的影响，为清兵顺利入主中原创造了非常有力的条件。鼠疫可以说是压垮大明王朝的重要稻草之一。